ในศาสตร์เกษตรธรรมชาติ ย่อมต้องพูดถึงจุลินทรีย์ท้องถิ่น หรือ IMO (Indigenous Microorganism) ที่ช่วยในการย่อยสลายอินทรีย์ที่มีอยู่ในดินทั้งบนผิวดินและใต้ดิน อีกทั้งช่วยในการกำจัดจุลินทรีย์ที่ก่อให้เกิดการเน่าเหม็นต่างๆ ช่วยให้พืชสามารถนำธาตุอาหารต่างๆไปใช้ได้สะดวก ทำให้พืชแข็งแรง และเจริญเติบโตได้ดียิ่งขึ้น ซึ่งจุลินทรีย์ท้องถิ่นจะปรับตัวได้ดีในพื้นที่ปลูกและสภาพอากาศได้ดีกว่าจุลินทรีย์ที่มาจากท้องที่อื่น จึงสามารถนำไปใช้งานได้ดีและยั่งยืนกว่า
